【正确答案】 C

【答案解析】[解析] A项错误。重大误解是指行为人因对行为的性质、对方当事人、标的物的品种、质量、规格和数量等发生错误认识，使行为的后果与自己的意思相悖，并造成较大损失的行为。甲公司与乙公司并没有对这些问题发生错误认识，只是双方对合同条款的理解不一致，不是重大误解，A项错误。
B项错误。《合同法》第52条规定：“有下列情形之一的，合同无效：(一)一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；(二)恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；(三)以合法形式掩盖非法目的；(四)损害社会公共利益；(五)违反法律、行政法规的强制性规定。”本题中，并不存在这些情形，因此该合同不是无效合同，B项错误。
C项正确，D项错误。甲公司和乙公司只是对合同条款的含义理解上不一致，不存在对合同标的或者其他内容的误解，内容、形式合法，不存在无效因素，故合同本身应当有效，只是需要在探求当事人真意的基础上，按照合同条款规则进行解释，C项正确，D项错误。