选项A、B不正确，因为本题题干讨论的是“实质性程序与评估的认定层次重大错报风险之间的关系”。选项D不正确，对于重大余额的实质性程序不一定采用函证程序。选项C正确，无论注册会计师评估的重大错报风险结果如何，均应当对所有重大的各类交易、账户余额和披露设计和实施实质性程序。