（1）蛋白质的降解途径主要有三种，包括溶酶体途径、泛素化途径和Caspase蛋白酶途径。
①溶酶体途径：蛋白质在溶酶体的酸性环境中被相应的酶降解，然后通过溶酶体膜的载体蛋白运送至细胞液，补充胞液代谢库。
a．胞内蛋白：胞液中有些蛋白质的N端含有KFERQ信号，可以被HSC70识别结合，HSC70帮助这些蛋白质进入溶酶体，被蛋白水解酶降解。
b．胞外蛋白：通过胞吞作用或胞饮作用进入细胞，在溶酶体中降解。
②泛素-蛋白水解酶途径：是一种特异性降解蛋白的重要途径，参与机体多种代谢活动，主要降解细胞周期蛋白Cyclin、纺锤体相关蛋白、细胞表面受体如表皮生长因子受体、转录因子如NF-KB、肿瘤抑制因子如P53、癌基因产物等；应激条件下胞内变性蛋白及异常蛋白也是通过该途径降解。该通路依赖ATP，有两步构成，即靶蛋白的多聚泛素化和多聚泛素化的蛋白质被26S蛋白水解酶复合体水解。
③Caspase蛋白酶途径：是细胞凋亡的蛋白质降解途径。
Caspase以酶原形式存在于正常细胞中，细胞凋亡启动后被激活。有两条途径：
a．一条途径是由死亡信号分子和受体结合后的死亡结构域介导，使caspase-8自身催化成为具水解酶活性的蛋白酶，水解下游的caspase-3，6，7等，caspase-3，6，7作用于底物使其降解，导致细胞凋亡；
b．另一条途径由位于线粒体上的细胞色素C介导，激活caspase-9，活化的caspase-9进而激活caspase-3。细胞凋亡中被降解的蛋白有：DNA损伤修复酶、U1小核核糖核蛋白组分、核纤层蛋白、肌动蛋白等，这些酶及蛋白的降解导致细胞形成凋亡小体，最终被吞噬细胞吞噬消化。
④其他途径：有些细胞器具有特有的蛋白水解酶，确保细胞内各项代谢活动有条不紊地进行。如线粒体的La蛋白酶、高尔基体内Kex2水解酶、细胞膜表面的水解酶系统等。
（2）蛋白质降解的生物学作用：
①细胞成分的更新，有利于细胞内部的代谢正常进行。
②从免疫的角度来说，可以帮助机体识别自己，清除在胸腺成熟的绝大多数T细胞。
③细胞内蛋白质的质量控制
a．错误折叠的新生肽链的降解清除
b．非天然结构蛋白质的清除
c．核糖体合成新生肽链的过程中，当mRNA缺失终止密码子时，肽链的合成无法终止，形成熄火核糖体，即携带肽链的tRNA滞留在核糖体的P位，肽链合成不能继续。
④蛋白质降解与蛋白抗原提呈
蛋白质和肽类抗原的提呈是细胞免疫的一个重要环节。蛋白质和肽类的抗原性仅与其分子中的某些肽段有关，并经常位于蛋白质分子表面，与淋巴系统抗原提呈细胞的表面免疫球蛋白样受体结合，还需经过蛋白酶的降解作用，将蛋白质抗原降解为大小合适的肽段，进而诱发抗体的产生。
a．与I类MHC分子有关的抗原提呈：
免疫应答时，与I类MHC分子有关的抗原提呈过程中，抗原由蛋白酶体-泛素系统识别并加工。
b．与II类MHC分子有关的抗原提呈：
病原体蛋白质被抗原提呈细胞内吞，在晚期内体中降解成肽段，并与抗原提呈细胞中的II类MHC分子结合，完成抗原提呈。
⑤蛋白质降解与细胞信号传导
如细胞内蛋白质的泛素化降解，影响细胞信号的传导，既可以诱导信号传导，也可以阻断信号传导。
⑥蛋白质降解会影响细胞周期，如caspase蛋白酶的降解。
⑦蛋白质的异常降解会导致疾病，如淀粉样疾病或者肿瘤。