【正确答案】在基因组进化过程中，转座元件在许多方面起作用。最明显的效应是转座子能够启动重组，最后导致基因组重排。这种作用与这些转座元件的转座活性无关，而只是由于染色体上有某一转座元件的几份拷贝，于是在同一染色体或不同染色体上有着相同转座元件序列的部位之间发生重组。重组的结果可能会缺失若干个有重要功能的基因而出现有害效应，但有时确实也有产生了有利效应的重组。例如，在约3500万年前在一对LINE-1序列之间的重组，被认为引起了β-珠蛋白基因的倍增，结果产生了这个基因家族的Gγ和Aγ基因。
逆转录转座元件的转座作用可以引起非编码序列DNA的重排，当基因组的一段DNA序列在RNA聚合酶的作用下产生其RNA拷贝，然后在逆转录酶催化下，以这个RNA为模板合成cDNA拷贝，然后插入基因组的其他部位，由此既增加了基因组的大小，又增加了重复序列。
从近期效应看，转座元件如插入基因编码序列中通常会引起基因失活，因此转座作用对细胞的生存多半是有害的，所以转座元件通常是被甲基化的，使其所含的转座酶基因的转录受抑制而不发生转座行为。可是，从进化的角度看，转座元件的转座作用对于基因组的进化则有潜在的有利效应。