（1） 当前我国的分级预算管理体制存在的主要问题
①由于政府职能范围上的模糊性， 导致在事权划分上的相互交叉和重叠。 突出表现在中央承担了本该由地方管理的事务支出， 地方承担了本该由中央管理的事务支出。
②财政收入划分不尽合理， 基层政府分享的收入与支出不对称， 加剧了基层财政困难。
③政府层次过多， 基层政府缺乏主体税种。 中国目前具有五级政府， 是世界上主要国家中层次最多的， 这时的我国不可能向国外那样主要是完整地按税种划分收入， 而只能走加大共享税的道路， 影响了分税分级财政框架的稳定， 也由于基层政府缺乏大宗稳定增长的主体税种造成了地方财政困难。
④现行转移支付制不够科学， 没能有效发挥均衡地区间财政能力差异的作用。 这主要表现在： 第一， 转移支付模式单一化； 第二， 转移支付的标准不合理， 按 1993 年收支基数来确定中央对地方返还数额； 第三， 转移支付的形式不规范， 种类多， 结构过于复杂； 第四， 专项补助的政策导向不突出； 第五， 资金的转移支付缺乏监督约束机制。
（2） 进一步完善我国分级预算管理体制的思路
①转变政府职能， 重新界定政府职能范围， 明确各级政府的事权。 一方面应按公共财政体制要求转变政府职能； 另一方面应明确界定各级政府的事权与财政支出范围。
②减少政府层级， 考虑到我国政府层级过多， 难以按分税分级的框架来形成财力分配， 可考虑修改宪法以减少政府层级， 先把乡一级政府变成县一级政府的派出机构， 把政府职能到位， 效率提高， 精简机构结合起来， 在上述四级政府加乡镇派出机构的简化之后， 可进一步考虑把市级政府虚化。
③合理配置税种， 明确划分各级政府财权。 应赋予地方必要征税权， 并考虑开征物业税， 作为地方财政收入。在全国范围内开征社会保障税， 作为中央财政收入。
④转移支付制度的重建。 应实行以纵向转移支付为主， 纵横交错的转移支付制度； 确立资金转移支付的合理依据， 逐步用因素法代替现行的基数法； 合并简化现行的多种转移支付形式； 规范专项拨款补助， 体现国家产业政策， 发挥其导向功能； 强化政府间转移支付监督机制， 建立转移支付的监督审计制度和资金违规操作处罚制度。