员工拒不接受医疗机构采取医学措施，严重违反用人单位的规章制度，单位可依据《劳动合同法》第三十九条第二款的规定解除劳动合同。如果单位规章制度没有明确规定或者没有规章制度的，建议尽快采取手机短信、微信、电话通知等多种方式，对此进行明确告知。
此外，员工因拒绝接受检查治疗、过失造成传染病传播，情节严重危害公共安全的，还有可能构成过失以危险方法危害公共安全罪。根据最高人民法院、最高人民检察院《关于办理妨害预防、控制突发传染病疫情等灾害的刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第一条规定，故意传播突发传染病病原体，危害公共安全的，依照刑法第一百一十四条、第一百一十五条第一款规定，按照以危险方法危害公共安全罪定罪处罚。患有突发传染病或者疑似突发传染病而拒绝接受检疫、强制隔离或者治疗，过失造成传染病传播，情节严重，危害公共安全的，依照刑法第一百一十五条第二款的规定，按照过失以危险方法危害公共安全罪定罪处罚。如员工因此被依法追究刑事责任的，单位可根据《劳动合同法》第三十九条第六款的规定解除劳动合同。