A、如图表示的同源染色体联会过程发生在减数第一次分裂前期，A错误；
B、由于异常联会形成的部分配子也可受精形成子代，所以自交后代会出现染色体数目变异的个体，B正确；
C、由于自交后代会出现染色体数目变异的个体，所以该玉米单穗上的籽粒基因型不一定相同，C错误；
D、由于四倍体玉米的基因型为Aaaa，异常配子的基因型可能是Aaa，所以该植株花药培养加倍后的个体不全为纯合子，D错误．
故选：B．