【正确答案】(1)注册会计师实施以下程序实施审计：①向S公司发出询证函。②查阅Y公司和S公司签章确认的购货合同、经Y公司管理当局批准的发货凭证和经S公司的收货验收证明等。③评价Y公司偿付货款的能力。
   (2)“应收账款”项目核算反映企业因销售产品、材料、提供劳务等业务，应向购货单位或接受劳务单位收取的款项。在确认这项3500万元的应收账款时，由于S公司是投资方，首先要确认S公司所欠Y公司的款项是否为正常商业信用。如果S公司确实与Y公司具有货款往来关系，下一步需要对应收账款项目的存在性和所有权归属性予以确认，设计函证程序或替代性审计程序(查验有无对方出具的具有法律效力的书面文书或对方的收货验收证明、运输部门出具的合法运输凭证或近期的双方对账记录等)确认其存在性；最后，还要通过观察近期还款情况和了解对方现金流量及财务状况，确认其可收回性。即使注册会计师确认了S公司和Y公司之间的往来款项属于正常的结算债权债务关系，也要注意Y公司是否在财务报表附注中适当披露此关联交易。