【正确答案】 D

【答案解析】A 项错误，西域都护府是汉朝中央政府设置管理西域的最高军政机构，负责统领西域诸国，颁行朝廷号令。
B 项错误，唐朝时期，在西北地区设立安西都护府，主管西域（今新疆和中亚地区）事务。安西都护府的管辖面积多达 300 万平方公里，西至咸海，甚至还包括波斯地区。
C 项错误，元朝设置北庭都元帅府等机构管理西域的军政事务，加强了对西域的管辖。
D 项正确，为了更好地管理新疆，清朝设置伊犁将军，伊犁将军为清朝新疆地区最高官职，统辖新疆南北两路。
故正确答案为 D。