| 比较项目 | 外在膜蛋白 | 内在膜蛋白 |
| 分布位置 | 分布在膜的内外表面 | 不同程度嵌入膜的脂双分子层 |
| 所处环境 | 主要处于水介质中，呈水溶性 | 主要处于脂介质中，呈水不溶性 |
| 占膜蛋白的含量 | 20/%～30/% | 70/%～80/% |
| 所含氨基酸的组分 | 亲水和疏水的氨基酸比例大体相等 | 主要由疏水氨基酸组成 |
| 与膜结合方式 | 靠离子键或其他较弱的键结合 | 主要借疏水力和离子键等结合 |
| 从膜分离所需要的 条件 | 温和的处理条件：高离子强度，金属蛰合剂 | 要求能破坏疏水键的试剂：如去垢剂、有机 溶剂 |
| 对膜结构的重要性 与糖链的关系 | 除去外在膜蛋白并不引起膜结构的破坏与溶解 可与糖链结合形成糖蛋白 | 除去内在膜蛋白则伴有膜结构的解体 可与糖链结合形成糖蛋白 |
| 举例 | 细胞色素c | 细胞色素氧化酶、视紫红质蛋白 |