本题考查中国特色社会主义理论体系。
A 项错误， 2005 年 12 月，十届全国人大常委会第十九次会议通过决定，自 2006 年 1 月 1 日起废止《农业税条例》。这意味着从 2006 年开始，将在全国范围内全面彻底取消农业税，延续了 2600 年的农业税将宣告终结。
B 项正确，《中共中央国务院关于促进农民增加收入若干政策的意见》指出：“（十七）深化粮食流通体制改革。从 2004 年开始，国家将全面放开粮食收购和销售市场，实行购销多渠道经营……为保护种粮农民利益，要建立对农民的直接补贴制度。2004 年，国家从粮食风险基金中拿出部分资金，用于主产区种粮农民的直接补贴。其他地区也要对本省（区、市）粮食主产县（市）的种粮农民实行直接补贴。要本着调动农民种粮积极性的原则，制定便于操作和监督的实施办法，确保补贴资金真正落实到农民手中。”
C 项错误，2004 年 10 月 11 日，农业部下发了《关于推进农业科技入户工作的意见》，标志着以提升农户科技示范能力建设为重点的“科技入户工程”正式拉开了序幕。农业科技入户的目的是提高农民科学文化素质和科技应用水平，加速农业科技进步与创新，并非“全面放开收购市场”的配套政策。
D 项错误，2003 年 10 月 14 日，中国共产党第十六届中央委员会第三次全体会议通过了《中共中央关于完善社会主义市场经济体制若干问题的决定》，《决定》提出：“实行最严格的耕地保护制度，保证国家粮食安全。”
故正确答案为 B。