职能部门战略与企业总体战略的区别包括：
（1） 期限短。 职能部门战略用于确定和协调企业的短期的经营活动， 期限较短， 一般在一年左右。 职能部门战略期限较短的原因是： 职能部门管理人员可以根据总体战略的要求， 把注意力集中在当前需要进行的工作；职能部门管理人员可以更好地认识职能部门当前的经营条件， 及时地适应已变化的条件， 并作出相应的调整。
（2） 具体性强。 企业主要职能部门的战略要比企业总体战略更为具体。 总体战略为企业指出一般性的战略方向， 而职能战略则为负责完成年度目标的管理人员提供具体的指导， 使他们知道如何实现年度目标。 同时， 具体的职能战略还可以增强职能部门管理人员实施战略的能力。
（3） 职权与参与不同。 企业高层管理人员负责制定企业的长期目标和总体战略。 职能部门的管理人员在总部的授权下， 负责制定年度目标和部门战略。 职能部门管理人员参与制定职能战略， 可以更自觉地实现本部门的年度目标， 执行职能战略所需要进行的工作， 增强实施战略的责任心。
职能部门战略应在研究开发、 生产作业、 市场营销、 财务会计和人力资源管理的职能部门中制定。 各职能部门的主要任务不同， 关键变量也不同； 即使在同一职能部门里， 关键变量的重要性也因其经营条件不同而有所变化， 难于归纳出一般性的职能层战略。