问答题 研究员张某利用业余时间，参阅单位图书馆的图书资料，研制成功一种新型的过滤器。院领导知道后，认为张某参阅了本单位的图书资料，该发明是职务发明，因此以研究院的名义申请了实用新型专利。经专利局审查，该全民所有制研究所成了该项专利的所有人。自研究院2002年3月5日提出专利申请之日起，张某一直认为这项发明创造属非职务发明，申请权应归本人，并于2004年11月向某人民法院控告单位侵犯其专利权。法院受理此案后，发现该研究院已经擅自将该专利权转让给了某集体所有制企业。
   请问：上述案情中有几处违反我国《专利法》的规定?为什么?