蔡元培是中国近代著名的资产阶级革命家和民主主义教育家。他不仅是一名教育思想者，更是一位教育实践者。辛亥革命前，他通过兴办教育进行反清革命活动。民国成立之初，他以第一任教育总长的身份，坚决清除教育中的封建专制主义因素，苦心规划民国教育的未来。1917年赴任北大校长后，对其进行了卓有成效的改革，为中国高等教育开辟了一片新天地。其教育实践与教育思想具体如下：
（1）教育思想
①“五育并举”的教育方针
蔡元培发表《对于教育方针之意见》一文，根据专制时代和共和时代对教育的不同要求，从“养成共和国民健全之人格”的观点出发，提出了军国民教育、实利主义教育、公民道德教育、世界观教育和美感教育“五育”并举的教育思想。并指出“五育不可偏废”，军国民教育为体育，实利主义教育为智育，公民道德教育为德育，美感教育可以辅助德育，世界观教育将德、智、体三育合而为一，是教育的最高境界。学校中每种教学科目虽于“五育”各有侧重，但又同时兼通教育。
②“思想自由，兼容并包”的办学原则
a．在学术上，“循‘思想自由’原则，取兼容并包主义”，允许各种学派自由发展，只要这些思想言之成理、持之有故，尚未达到自然淘汰之命运，即使彼此相反，也听任他们自由发展；
b．在教师的聘任上，以“学诣为主”聘任教师，罗致各类学术人才，使北大教师队伍一时出现流派纷呈的局面。
③教育独立思想
a．教育经费独立
政府指定固定的款项，专作教育经费，不能移作他用。建立独立的教育会计制度等；
b．教育行政独立
设立专管教育的行政机构，不附设于政府部门，由懂教育的专业人士主持。教育总长不得因政局的变动而频繁变动；
c．教育学术和内容独立
教育方针应保持稳定，不受政治的干扰。能自由编辑、出版、选用教科书；
d．教育脱离宗教而独立
教育脱离政治、政党的主张是一种历史唯心主义的观点，教育不可能完全独立于政治，这是他对当时政治状况下无奈的反抗，在国家衰落的国情下，维持教育基本生存状态，有合理性的一面。
④“尚自然”“展个性”的教育思想
a．在教育内容上，蔡元培着力提倡自由主义的教育。极力反对违反自然、束缚个性的教育。他认为中国旧教育束缚儿童个性，违反人的自然发展规律，而新教育应该是发展儿童个性，尊重儿童自由发展的教育；
b．在教学方法上，蔡元培要求教师在教学中不搞注入式，提倡发挥儿童个性，要学生自动、自学、自助，采用启发式的教学方法，根据学生各自特点和情况，采用不同的方法，因材施教，使学生的个性得以充分的发展。
⑤大学院和大学区制
大学区制的目的是为了促进教育与学术相结合，实现教育行政机构学术化，从而摆脱腐败的官僚的支配，实现教育决策民主化。但在专制独裁统治的政治形势下，在经济极端落后的情况下，使教育行政学术化，反而使学术机关官僚化，且效率低下。由于中国学术风气未浓而官僚习气却深，让学术机构和行政机构混一，高等学府反成竞争倾轧场所。因此，大学院和大学区制最后以失败而告终。
（2）改革北京大学的教育实践
北京大学的前身京师大学堂是一所充满封建官僚习气的学校。1916年12月，蔡元培被任命为北大校长后，对北大进行了全面的改革。主要采取了以下一些措施：
①抱定宗旨，改变校风
大学应该成为“研究高尚学问之地”。他认为，教师不热心学问，学生把大学当作做官发财的阶梯，这是北大“著名腐败的总因”。因此，他改革北大的第一步是明确大学的宗旨，并为师生创造研究高深学问的条件和氛围。
a．改变学生的观念
蔡元培在发表就任北京大学校长的演说时，对学生提出了三点要求：一曰抱定宗旨；二曰砥砺德行；三曰敬爱师长。
b．整顿教师队伍，延聘积学热心的教员
教师群体的学术水平是一所大学学术水平的标志，也是把大学建成学术研究机构的重要保证。蔡元培认为，要打破北大的旧习惯，不仅要改变学生的观念，还应“从聘请积学而热心的教员着手”。他在教师聘任上采取“学诣”第一的原则，认为对于具有真才实学、教学热心、有研究学问的兴趣和能力的学者，不管他的国籍、资格、年龄、思想倾向，都应加以聘任。
c．发展研究所，广积图书，引导师生研究兴趣
蔡元培认为，大学不仅是传授知识的机关，而且要创新知识，推动学术的进步。为了从机构设置上有利于学术研究，蔡元培担任北大校长后，率先在国内大学中设立了各科研究所。他还十分注意丰富图书馆藏，为学术研究创造条件。针对北大图书馆新书偏少的问题，他在任校长后的第一次公开讲话中就强调要“筹集款项，多购新书”，以“供学生之参考”。
d．砥砺德行，培养正当兴趣
针对老北大缺乏高尚的娱乐活动和学生团体，学生不得不在学校以外寻求不正当消遣的情况，他倡导成立了各种体育会、画法研究会、书法研究会、演剧会等，培养学生正当的兴趣。
②贯彻“思想自由，兼容并包”的办学原则
蔡元培认为，大学的宗旨是研究高深学问，但它不是研究某一家某一派的学问，更不是研究被某些人指定的学问。“大学者，‘囊括大典，网罗众家’之学府也”。其中，“兼容并包”不仅包容不同的学术和学说流派、不同的人物和主张，也在男生之外包容女生，在正式生之外包容旁听生。
③教授治校，民主管理
蔡元培任北大校长后，当年即组织了评议会，会议决定：
a．设立行政会议，作为全校最高的行政机构和执行机构，负责组织实施评议会议决的事项，下设各种委员会分管各类事务。
b．设立教务会议及教务处，由各系主任组成，并互相推选教务长一人，统一领导全校的教务工作。
c．设立总务处，主管全校的人事和事务工作。
④学科与教学体制改革
a．扩充文理，改变“轻学而重术”的思想
蔡元培认为，“学术”一词代表两方面：“学为学理，术为应用”，“学”“术”之别，实即基础理论学科和应用学科之别。学与术的关系是：“学必借术以应用，术必以学为基本。”所以，蔡元培希望通过扩充文理，改变“轻学而重术”的现象。
b．沟通文理，废科设系
蔡元培认为，传统文、理分科的做法不适应近代科学相互联系、相互渗透的发展趋势。文科里面包含着理科，理科里面包含着文科，不能截然分开。蔡元培主张清除人为的科际障碍，废科设系。北大于1919年废除科，改原隶属于科的学门为系，设立14个系，废学长，设系主任。
c．改年级制为选科制
选科制是当时美国大学中通行的方法，蔡元培极力主张仿效。选科制体现了他“尚自然”“展个性”的教育思想，同时也是落实他“沟通文理”思想的一个具体措施，为文、理科学生相互选修课程提供了方便。1922年以后，全国其他高校纷纷采用选科制。
d．实行旁听生制度
北大实行旁听生制度，让教学和学术活动向社会公开。北大还开办了不少平民学校和夜校等，努力服务于社会。这些都有力地促进了我国大学的开放性和平民化程度。
总之，蔡元培力求教育按自身的发展规律办事，努力摆脱封建军阀和帝国主义对教育的影响，强调教育的独立地位。他领导的北大改革所进行的具体实践和采取的种种措施，不仅使北大面貌焕然一新，也使北大成为我国高等教育近代化发展中的一个里程碑。它所主张的崇自然、展个性的教育思想；五育并举的教育方针以及思想自由，兼容并包的原则等使得北大成为新文化运动和马克思主义的传播中心、五四运动的策源地，其影响远远超出了教育领域。蔡元培的教育实践和教育思想推动了中国教育的现代化进程，为后世高等教育的管理和发展提供了新的思路和借鉴。时至今日，对我国高校改革仍具有极大的借鉴意义和参考价值。