市场经济对卫生事业的影响体现在积极和消极两个方面。 其中消极影响主要体现在以下几个方面：
（1） 公平问题
在市场机制下， 卫生服务分配取决于消费者的收入水平， 高收入者可以得到较多的、 较高质量的卫生服务；而低收入者只能得到较少的、 较低质量的卫生服务。 然而， 一般情况下， 低收入者的健康状况往往较高收入者差。因此， 市场机制带来的后果是病多的人得到较少的卫生服务， 病少的人获得较多的卫生服务， 由此造成卫生服务的不公平分配。 其结果是高收入者由于获得较多的卫生服务， 进而有较高的健康水平， 较高的健康水平又保证了消费者的生产能力， 使其收入进一步增加， 从而使高收入者处于一种良性循环的状态。 与此相反， 低收入者由于获得较少的卫生服务， 故健康水平较低， 而较低的健康水平又影响到消费者的生产能力， 从而使其收入进一步减少， 使低收入者处于一种恶性循环的状态。 这两种循环的持续进一步导致卫生服务分配的不公平， 贫富差距进一步扩大。 如果政府不予干预， 卫生服务领域利用市场机制， 不但不能解决公平问题， 反使公平程度恶化。
（2） 竞争失灵
在卫生服务领域， 由于受到行医执照的限制， 卫生服务提供者不能自由进入市场， 结果使已经具有行医资格的人可以利用自己的资格垄断获得超额利润。 另外， 由于规模经济的原因， 一个地区的医疗机构数将会受到限制，从而使现存的医院处于一种垄断地位， 保证了他们即使在低服务质量和低经济效率的情况下也能获得超额利润。因此， 卫生领域垄断的存在， 造成了竞争的失灵， 而竞争的失灵在很大程度上限制了市场机制在卫生领域中的作用， 即竞争失灵决定了卫生服务领域中存在严重的市场失灵。
（3） 市场难以提供足够的公共产品
尽管公共产品的社会效益显著， 但由于很难向个人收费， 因此难以使供方取得合理补偿， 故公共产品一般由政府来提供作为社会公益事业或公共事业， 然而政府又限于国家财力， 提供的公共产品数量极其有限。
（4） 市场难以消除经济活动的外部性影响
经济活动的外部性影响是指个人或企业的行为对他人或企业产生消极或积极的影响， 却未承担应有的成本或获得相应的补偿。 例如， 公共卫生和基本医疗服务基本上属于效益外溢性的经济活动。 如何消除经济活动的外部性影响， 一方面， 要加强政府干预与管理。 政府可以通过补贴、 减免税收等办法鼓励具有积极外部性的经济活动，另一方面， 可以通过立法， 制定相应的法律、 法规， 罚款或增税等办法， 来控制具有消极外部性的经济活动。