A项不选。三叶虫是远古时代的一种动物，是节肢动物的一种。其与题意不符。B项当选。元古代是紧接在太古代之后的一个地质年代，距今25亿~8亿年，这一时期生物界由原核生物演变为真核生物，占主导地位的是菌类、藻类，因此元古代也称作“菌藻时代”。C项不选。海绵在远古时代已经存在了，它的外形虽然像植物，但它其实是一种动物。其与题意不符。D项不选。古代和现代生存的蕨类植物的共同祖先，都是距今4亿年前的古生代志留纪末期和下泥盆纪时出现的裸蕨植物。其与题意不符。故本题选B。