公司中标医院的信息管理系统。公司指派小王担任项目经理，并组建相应的项目团队。于人手有限，小旺负责项目质，工作的小杨同时担当配置管理员。小杨编写并发布了质量管理计划和配置管理计划。小杨利用配置管理软件对项目进行配置管理，为了项目管理方便，小杨给小王开放所有的配置权限，当有项目组成员提出配置变更需求时，小杨直接决定是否批准变更请求。小杨为项目创建了三个文件夹，分别作为存放开发、受控、产品文件的目录，对经过认定的文档或经过测试的代码等能够形成配置基线的文件，存放到受控库中，并对其编号。项目研发过程中，某软件人员打算对某段代码作一个简单修改，他从配置库检出待修改的代码段，修改完成并经测试没问题后，检入配置库，小杨认为代码改动不大，依然使用之前的版本号,并删除了旧的代码。公司在质量审计过程中,发现项目管理方面的诸多问题。
请结合案例，简要分析该项目在配置管理方面存在的问题。