(1)在国防最高委员会中设立执行委员。国防最高委员会作出决议后，即交执行委员负责执行，这保证了决策执行的及时性和准确性。
(2)推行行政三联制。按照行政运行的顺序，将工作过程分为计划，执行，考核三个阶段。国防最高委员会增设中央设计局和党政工作考核委员会，形成中央设计局管设计，党政军原有机关管执行，党政工作考核委员会管考核的运行系统。
(3)实行分层负责制。将各机关人员分成若干层级，明确规定各层级的职责权限，使各级人员明确责任，做到职责专一，功过分明， 便于查核。这一制度多次提倡，但收效甚微。
(4)推行幕僚长制。国民政府将机关工作分为政务和事务工作，主管长官着重负责政务工作，而负责事务工作的长官就是幕僚长。由于幕僚长负责制与行政长官个人集权制是矛盾的，这就决定了幕僚长制时行时止的命运。
(5)改进公文处理办法。国民政府适应战时需要对公文处理办法进行了改进。强调文书处理贵在快捷，要求做到层层节制，级级负责。但是由于官僚机构臃肿，吏治腐败，无法从根本上解决问题。