蔡元培是中国近代著名的资产阶级革命家和民主主义教育家。辛亥革命前，他通过兴办教育进行反清革命活动。民国成立之初，他以第一任教育总长的身份，坚决清除教育中的封建专制主义因素，苦心规划民国教育的未来。1917年赴任北京大学校长后，他从自由、民主的原则出发，对北京大学进行了卓有成效的改革，为中国高等教育开辟了一片新天地。
（1）蔡元培北大改革的措施：
①抱定宗旨、改变校风。
蔡元培认为大学应该成为“研究高尚学问之地”，但当时的北京大学，学生对研究学问没有兴趣，读书仅为混资历谋官位。因此，他改革北大的第一步是明确大学的宗旨，并为师生创造研究高深学问的条件和氛围。
a．改变学生的观念。1917年1月9日，蔡元培发表就任北京大学校长的演说，对学生提出三点要求：抱定宗旨，砥砺德行，敬爱师长。他将“抱定宗旨”置于首位。蔡元培指出：“大学者，研究高深学问者也。”他要求学生从此以后，一定要抱定为求学而来的宗旨；
b．整顿教师队伍，延聘积学热心的教员。蔡元培认为要打破北大的旧习惯，不仅在改变学生的观念，还应“从聘请积学而热心的教员着手”。他在教师聘任上采取的是“学诣”第一的原则，认为对于具有真才实学，教学热心，有研究学问的兴趣和能力的学者，则不管他的国籍、资格、年龄、思想倾向，都应加以聘任。根据这一原则对北京大学教师队伍进行充实和整顿，一方面延请学有所成、富有声誉的专家学者来北京大学任教，一方面辞掉了一些不称职的中外教师。经过整顿，北大教师明显表现出平均年龄轻，富于学术活力的特点；
c．发展研究所，广积图书，引导师生研究兴趣。蔡元培认为大学不仅是传授知识的机关，而是要创新知识，推动学术的进步。为了从机构设置上有利于学术研究，蔡元培担任北大校长后，率先在国内大学中设立了各科研究所，蔡元培还十分注意丰富图书馆藏，为学术研究创造条件；
d．砥砺德行，培养正当兴趣。蔡元培努力在师生中提倡道德修养。他上任伊始即告诫学生要砥砺德行，敬爱师长。针对老北大缺乏高尚的娱乐和自动的组织，学生不得不于学校以外寻求不正当消遣的情况，他倡导成立了各种体育会、画法研究会、书法研究会、演剧会等，培养学生的正当兴趣。对于教师，蔡元培历来以学识为重，认为个人的品行应由自己负责，学校不宜多加干涉。但是对于那些即使富有学术声誉，但私生活糜烂，甚至诱引学生与之堕落的教师，也坚决解聘。
②贯彻“思想自由，兼容并包”的办学原则。
蔡元培明确声明，在学术上“循‘思想自由’原则，取兼容并包主义”，这是他办理北京大学的基本指导思想。如“哲学之唯心论与唯物论，文学、美术之理想派与写实派，计学之干涉论与放任论，伦理学之动机论与功利论，宇宙论之乐天观与厌世观”等等，都可以在大学里自由地研究和讲授。他认为“无论为何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰之命运者，虽彼此相反，而悉听其自由发展”，并认为这是各国大学的共同准则，只有这样，大学才能对学术的发展起促进作用。
③教授治校，民主管理。
蔡元培任校长后，当年即组织了评议会，从全校每5名教授中选举评议员1人，校长为当然的评议长。评议会为全校最高的立法机构和权力机构，凡学校重大事务都必须经过评议会审核通过。接着组织各门教授会，由各门的教授公举教授会主任，任期两年，其职责是分管各学门的教务，规划本学门的教学工作。1919年12月，评议会通过学校内部组织章程，决定：
a．设立行政会议，作为全校最高的行政机构和执行机构，负责组织实施评议会议决的事项，下设各种委员会分管各类事务；
b．设立教务会议及教务处，由各系主任组成，并互相推选教务长一人，统一领导全校的教务工作；
c．设立总务处，主管全校的人事和事务工作。
④学科与教学体制改革。
a．扩充文理，改变“轻学而重术”的思想。蔡元培将北京大学工科停办，商科改为商业学，并入法科，同时扩充文、理两科的专业门类，加强两科的建设。北大遂由原来的五科改为文、理、法三科大学。突出文理两科，强调基础理论的地位，也是蔡元培“大学为纯粹研究学问之机关”观点的延伸；
b．沟通文理，废科设系。蔡元培认为传统文、理分科的做法已不适应近代科学相互联系，相互渗透的发展趋势。文科里面包含着理科，理科里面包含着文科，不能截然分开。为了避免文理科学生相互隔绝，互不沟通，蔡元培采取的一个重要改革措施就是清除人为的科际障碍，废科设系。北大于1919年废除科，改原隶属于科的学门为系，设立14个系，废学长，设系主任。原来的文、理、法三科分别改称第一、二、三院，仅作为各系所在地区的标志（因原来三科分布在不同地区），不代表一级机构；
c．改年级制为选科制（学分制）。1917年10月，教育部召开北京各高等学校代表会议，讨论修改大学规程，北京大学文科提出废年级制，采用选科制的议案，会议议决通过，决定在北大试行。北大选科制规定每周一课时，学完一年为一个单位，本科应修满80个单位，一半必修，一半选修，修满即可毕业，不拘年限；预科应修满40个单位，必修占四分之三，选修占四分之一。选修科目可以跨系。
（2）蔡元培北大改革的影响
在蔡元培的领导下，北京大学的改革是全方位的，北京大学的改革不仅使自身改变了面貌，也是我国高等教育近代化发展中的一个里程碑。这场改革的灵魂是“思想自由、兼容并包”，在信息化时代的今天，我国高等教育的改革实践更应该秉持“思想自由、兼容并包”的原则，对不同国别和地区、不同的学术和学说流派，不同的人物和主张不应完全抵制，也并非不偏不倚，而是有所抑扬地接收与吸收。同时，蔡元培北大改革中的“教授治校”理念之于今天高校自主权建设，选科制之于今天高校“大类”课程，以及图书馆、研究院建设之于今天对高校学术氛围的强调等都对今天我国的高等教育改革有着重要的借鉴和参考价值。