信号肽假说是由Blobel和Sabatini提出的，根据这一假说，在细胞质中，编码分泌蛋白的信使核糖核酸（mRNA）与游离的核糖体大小亚基结合而形成翻译复合体。从起始密码子开始，首先翻译产生信号肽，当翻译进行到大约50～70个氨基酸之后，信号肽开始从核糖体的大亚基上露出，露出的信号肽立即被细胞质中的信号肽识别体（SRP）识别并与之相结合。此时，翻译暂时停止，SRP牵引这条带核糖体的mRNA到达粗面内质网的表面，并与粗面内质网表面上的信号肽识别体受体（或称停泊蛋白）作用，这时，暂时被抑制的翻译过程恢复进行，同时，内质网膜上某种特定的核糖体受体蛋白聚集（易位子），使膜双脂层产生孔道，带mRNA的核糖体与其受体蛋白结合，翻译出的肽链便通过孔道进入内质网腔内。信号序列的两个基本作用是：①通过与SRP的识别和结合，引导核糖体与内质网结合；②通过信号序列的疏水性，引导新生肽跨膜转运。