（1）基本结构方面

①原核生物mRNA的5＇端无帽子结构，3＇端没有或只有较短的poly（A）结构。

②真核生物mRNA的5＇端存在帽子结构，且绝大多数真核生物mRNA具有poly（A）尾巴。真核生物的mRNA（不包括叶绿体和线粒体）5＇端都是经过修饰的，基因转录一般从嘌呤（主要是A，也可能是G）起始，第一个核苷酸保留5＇端的三磷酸基团并能通过其3＇-OH位与下一个核苷酸的5＇磷酸基团形成二酯键。mRNA的帽子结构常常被甲基化。poly（A）序列是在转录后加上去的，可能在细胞核中的核内不均一RNA阶段就已经加上了poly（A）。

（2）作用形式方面

①许多原核生物mRNA可能以多顺反子的形式存在。多顺反子mRNA是一组相邻或相互重叠基因的转录产物，这样的一组基因可被称为一个操纵子，如大肠杆菌乳糖操纵子转录成编码3条多肽的多顺反子mRNA，经过翻译生成β-半乳糖苷酶、透过酶及乙酰基转移酶。原核生物mRNA可以编码多个多肽

②真核基因几乎都是单顺反子，只包含一个蛋白质的信息，其长度在几百到几千个核苷酸之间。真核生物的mRNA只能编码一个多肽。

（3）功能特点方面

①原核生物一般以AUG作为起始密码，有时以GUG，UUG作为起始密码；原核生物mRNA起始密码子AUG上游7～12个核苷酸处有一被称为SD序列的保守区，该序列与16SrRNA3＇端反向互补，因此被认为在核糖体与mRNA的结合过程中起作用。

②真核几乎永远以AUG作为起始密码。真核生物mRNA帽子结构使mRNA免遭核酸酶的破坏。poly（A）是mRNA由细胞核进入细胞质基质所必需的形式，它大大提高mRNA在细胞质基质中的稳定性。此外，翻译起始因子elF4F和包绕在poly（A）尾的poly（A）尾结合蛋白之间的相互作用使真核mRNA保持环状，因而poly（A）还能增强mRNA的可翻译能力。

（4）半衰期与转录翻译的时序性

原核生物mRNA的半衰期短。绝大多数细菌mRNA的半衰期短得令人吃惊，mRNA的降解紧随着蛋白质翻译过程发生。因此细菌基因的转录与翻译是紧密相连的，基因转录一旦开始，核糖体立刻结合到新生mRNA链的5＇端，启动蛋白质合成，而此时该mRNA的3＇端还远远没有转录完全。

真核生物mRNA的半衰期相对较长。因此真核生物体内转录与翻译是分开进行的，mRNA被转录完成之后穿过细胞核进入细胞质中进行翻译。