根据《公开募集证券投资基金管理人监督管理办法》，设立管理公开募集基金的基金管理公司时，若其非主要股东为自然人，该自然人的个人金融资产应不低于1000万元人民币。选项B（1 000万元）符合规定。逐项分析：
- A（500万元）：低于法定要求。
- B（1 000万元）：符合现行法规要求。
- C（2 000万元）和D（3 000万元）：属于对主要股东的要求，而非非主要股东。
因此，正确答案为B。