根据背景资料，施工单位进行钻孔灌注桩施工应采用的主要大型临时设施及理由如下。

(1)全套转孔机。理由：全套转孔机主要用于大型桥梁钻孔桩的施工。

(2)螺旋转机。理由：螺旋转机适用于土质地基的灌注桩施工。

施工单位关于正循环回转钻孔施工方法中的描述不正确。

正确描述：利用钻具旋转切削土体钻进，泥浆泵将泥浆压进泥浆笼头，通过钻杆中心从钻头喷入钻孔内，泥浆挟带钻渣沿钻孔上升，从护筒顶部排浆孔排出至沉淀池，钻渣在此沉淀而泥浆流入泥浆池循环使用。

钻孔灌注桩质量控制点A的内容：清孔质量。

钻孔灌注桩质量控制点B的内容：水下混凝土的灌注质量。

施工单位提出设计变更申请的理由不正确。理由：因为施工单位无大型施工船只，所以不能进行预制方案。

设计变更程序不完善。理由：监理单位应该先审核技术是否可行，还需要核算造价影响，然后报建设单位。建设单位通知设计单位，经设计单位同意后，进行设计变更，变更后由建设单位将设计变更发监理单位，监理单位再发给施工单位进行施工。