行政组织层面的伦理主要指跟行政组织的程序与制度相关的伦理道德。它包括：
（1）程序公正
在行政管理过程中，政府的活动和程序应该是为公众和顾客提供服务。但是，由于提供公共服务需要足够的权力和权威，所以在实际管理过程中，有一个极大的道德危险，那就是权力的价值有可能超越服务的价值，导致目标置换现象的产生。行使权力原本是公务人员提供公共服务的手段，却有可能变成他们的目的。程序设计的目的变成了为官员服务，而非用之为公众服务。这样，妄自尊大便取代了仁慈，政府官员的便利比社会公众便利更加重要。延误和诡秘甚至成为规范。因此，为了保护社会公众在一定程度上免受官员妄自尊大之苦，程序公正就成为公共道德的基石和公共伦理的核心组成部分之一。
（2）组织信任
信任意味着期望与义务的一种良性循环关系，意味着一种勇于承担义务的机制。信任关系作为一种公共管理的社会资本，它可以为公务人员的集体行动提供便利。高度信赖的行政组织必须履行相应的义务来满足公民所寄托的期望。组织内部的信任关系是行政管理成功的保障，也是政府赢得公民信赖的前提。组织外部的信任关系表明政府的合法性程度，反过来影响到行政权力运作的成功。但需要清楚的是，由于信任是一种义务与期望之间的关系，因而它属于“一种暗含的利益的表达”。所以，良好的信任关系有赖于良好的利益达成机制。
（3）民主责任
如前所述，行政伦理责任包括主观责任和客观责任两个方面。如果说主观责任表现为公务人员个人的责任心，那么客观责任可以说表现了行政组织制度的“责任心”。行政组织的客观责任一般包括五大部分：a．组织要求的责任；b．法律方面的责任；c．职业方面的责任；d．政治方面的责任；e．社会道德方面的责任。客观层面的行政伦理责任是由制度和职业关系所客观决定的。一方面，组织制度规定了公务人员在其中的角色，从而规定了公务人员的客观责任。另一方面，行政组织本身也承担着公共管理主体的角色，组织的集体责任也由制度所规定。公共组织是为着公众的利益而存在的。世界银行把公共责任作为判断一个政府对社会进行良好治理的重要标志。
（4）制度激励
行政组织的伦理还体现在组织激励的层面。这一点是较早为人们所认识到的。自从人际关系学派产生，科学管理运动中的非人道主义就已经开始被清算。组织制度对于人本、人性问题的考虑也就成为组织伦理的重要内涵。作为伦理问题的组织激励主要是人本主义价值观的体现，它必须解决两个问题：其一是如何实现组织需要与个人需要之间的平衡；其二是怎样处理效率和公平之间的关系。这些问题在一定意义上又和组织制度的约束机制相关，也和政策伦理相关。