【正确答案】五个层面：蛋白质个体、蛋白质互作对、模体、网络模块以及整个网络。即按照包含蛋白质的数目将网络进化问题分层：第一层是仅包含一个蛋白质的个体；第二层是包含两个蛋白质的蛋白质互作对；第三层是网络模体，一般包含3～5个蛋白质；第四层是网络模块，比前三层包含的蛋白质更多，而且可能由模体组成；第五层是整个网络的进化分析，探究网络的发生发展过程。