我国农民“看病难”的原因有：
（1）政府投入相对不足。尽管近几年政府加大了对医疗卫生事业的投入，但总体上仍然不足。我国人口占世界的20%，但卫生总费用仅占世界总额的3%。2009年卫生总费用中政府投入占24.7%，不仅远低于发达国家水平（平均为75%左右），也低于很多发展中国家水平（平均为55%左右）。在政府投入不足的情况下，医疗卫生费用主要由家庭承担，医疗费用缺乏分担机制；这也在客观上形成了医院“自劳自吃”的收入结构，形成了药品、检查收入与医生收入挂钩的机制，对费用的升高起到了很大的推动作用。
（2）医疗资源分布不均。目前我国总体卫生资源不足，配置还不合理，本应为“金字塔”结构的医疗卫生体系，在我国却呈现为“倒金字塔”型：70%左右的卫生资源在城市，高新技术、优秀卫生人才集中在大城市的大医院，广大农村只拥有30%左右的卫生资源。一些大医院过度发展，而农村和城市社区等基层医疗卫生机构不仅设备和条件差，而且普遍缺乏合格的全科医师，导致群众患病后往往不信任基层医疗机构，纷纷涌向大城市大医院。
（3）农村的医疗卫生机构虽有意愿提供足够和一定水平的卫生服务，但因人力、物力、财力资源的限制，尤其人力资源的质量水平的限制，因而缺乏提供客观服务需求的必要能力，因而成为农村看病难的重要原因之一。