【正确答案】 B、C

【答案解析】[考点] 国务院机构设置程序
[解析] 《国务院行政机构设置和编制管理条例》第7条第2款规定：“依照国务院组织法的规定，国务院设立办公厅。国务院组成部门的设立、撤销或者合并由国务院机构编制管理机关提出方案，经国务院常务会议讨论通过后，由国务院总理提请全国人民代表大会决定；在全国人民代表大会闭会期间，提请全国人民代表大会常务委员会决定。”因此，国务院组成部门的设立、撤销与变更，应当由国务院提出方案，国务院常务会议而非全体会议讨论通过后，由总理提请全国人民代表大会决定。A项错误；
《国务院行政机构设置和编制管理条例》第8条规定：“国务院直属机构、国务院办事机构和国务院组成部门管理的国家行政机构的设立、撤销或者合并由国务院机构编制管理机关提出方案，报国务院决定。”国务院法制办公室属于国务院办事机构，其设立由国务院机构编制管理机关提出方案，报国务院决定。B项正确；
原中国民用航空总局属于国务院直属机构，其变更也应由国务院机构编制管理机关提出方案，报国务院决定。C项正确；
《国务院行政机构设置和编制管理条例》第14条第2款规定：“国务院行政机构的处级内设机构的设立、撤销或者合并，由国务院行政机构根据国家有关规定决定，按年度报国务院机构编制管理机关备案。”因此，国家卫生与计划生育委员会法制司下属行政复议处的设立，国家卫生与计划生育委员会自己就可以决定。D项错误。
前文已述，一般而言，国务院机构编制管理机关在中央国家机关的机构设置问题上，一般只有提出方案或者审核方案的权力，而没有批准或者决定权。