工程被查处原因如下：

(1)按《城乡规划法》第六十四条规定，该工程建设没有取得《建设用地规划许可证》，属于违法用地。

(2)农村耕地属于集体所有的土地，将其改变为建设用地，必须由建设单位根据计划部门批准的立项进行征用土地，成为国有土地后，由城乡规划行政主管部门发《建设用地规划许可证》后方可进行建设。

(3)该村虽已还耕，但占用耕地应按《土地管理法》有关规定报请城市人民政府审批，乡政府无权审批。

(4)在城市规划区内进行的一切建设活动，必须经城乡规划行政主管部门审批，未经审批就是违法建设。至于如何处理，由于该工程刚开工，城乡规划行政主管部门应会同土地管理部门恢复原有的地形、地貌，并由违法建设单位赔偿所造成的损失。