《建立相对独立的平面坐标系统管理办法》（国测法字[2006]5号）第三条规定，下列确需建立相对独立的平面坐标系统的，由国家测绘局负责审批：①50万人口以上的城市；②列入国家计划的国家重大工程项目；③其他需国家测绘局审批的。下列确需建立相对独立的平面坐标系统的，由省、自治区、直辖市测绘行政主管部门负责审批：①50万人口及以下的城市；②列入省级计划的大型工程项目；③其他需省级测绘行政主管部门审批的。本题南京市属于“50万人口以上的城市”，由国务院测绘行政主管部门负责审批。