第一步，本题考查立法法。
第二步，根据《立法法》第九十五条：地方性法规与部门规章之间对同一事项的规定不一致，不能确定如何适用时，由国务院提出意见，国务院认为应当适用地方性法规的，应当决定在该地方适用地方性法规的规定；认为应当适用部门规章的，应当提请全国人民代表大会常务委员会裁决。因此公安部的某项规章与某省人民代表大会制度的地方性法规对同一事项的规定不同，国务院认为应当适用地方性法规的，应当决定适用该地方性法规，D正确。