转录的终止阶段是指当RNA链延伸到转录终止位点时，RNA聚合酶不再形成新的磷酸二酯键，RNA-DNA杂合物分离，转录泡瓦解，DNA恢复成双链状态，RNA聚合酶和RNA链都被从模板上释放出来的过程。

原核细胞转录终止机制分为不依赖于ρ因子的终止和依赖于ρ因子的终止。

（1）不依赖于ρ因子的终止

终止子，又称内在终止子，是指不依赖ρ因子终止反应的、模板DNA上存在的终止转录的特殊信号。作用机制：

①终止位点上游一般存在一个富含GC碱基的二重对称区，其转录产生的RNA容易形成发夹结构；在终止位点前面有一段由4～8个A组成的序列，转录产物的3＇端为寡U。

②在新生RNA中出现发夹结构会导致RNA聚合酶的暂停，破坏RNA-DNA杂合链5＇端的正常结构。寡U的存在使杂合链的3＇端部分出现不稳定的rU·dA区域，两者共同作用使RNA从三元复合物中解离出来。

（2）依赖于ρ因子的终止

有些终止位点的DNA序列缺乏共性，而且不能形成强的发夹结构，因而不能诱导转录的自发终止。大肠杆菌ρ因子能使RNA聚合酶在DNA模板上准确地终止转录。RNA合成起始以后，ρ因子即附着在新生的RNA链5＇端，利用ATP水解产生的能量，沿着5＇→3＇方向朝转录泡靠近；当RNA聚合酶移动到终止子而暂停时，ρ因子到达RNA的3＇－OH端，追上并取代暂停在终止位点上的RNA聚合酶，其RNA-DNA解螺旋活性使转录产物RNA从模板DNA上释放，随后，转录复合物解体，完成转录过程。