隐孢子虫感染可上调环氧合酶-2的表达，诱导上皮细胞产生前列腺素E₂并使肠道P物质增加，前列腺素E₂介导Na⁺吸收减少，刺激cAMP介导的Cl^-分泌增加，P物质使肠道的通透性增加，也使Cl^-分泌增加:肠道上皮细胞绒毛减少，造成肠道内双糖酶和其他黏膜酶的减少与丢失，小肠细胞的消化吸收能力下降，D-木糖和维生素B₁₂吸收不良及脂肪泻和蛋白质丢失。