我国个人所得税制度是自1994年开始实行，经历了几次改革调整，大体上与我国的经济发展形势比较符合。但近些年，随着民众收入水平的提高，收入结构出现不平衡以及经济来源多元化，个人所得税税务制度的弊端逐渐显现，针对这些问题需要更深入全面地改革。
（1）目前我国个人所得税制度存在如下问题：
①以个人为单位的分类所得税制难以体现公平效率原则
我国现行所得税制采用分类税制模式，对不同来源所得，采取不同税率和扣除办法。该税制模式不能全面、完整体现纳税人真实纳税能力，容易使纳税人分解收入，多次扣除费用，存在较多逃税避税漏洞，总体上也难以实现税负公平。
②税基过窄，个税占税收总额比例过低，制约其调节收入分配的作用
我国个人所得税课税对象范围的确定采用分项列举的方式，极大地限制了税收范围的扩大，造成很多税收漏洞。同时，现行税法规定了大量减免和优惠项目，这使得征税范围大大缩小。中国个人所得税规模偏小，比重偏低，严重制约了其调节收入分配作用的发挥。
③税率模式复杂，设置不科学
我国现行个人所得税基本上是按照应税所得的性质来确定税率，采取累进税率和比例税率并行的结构，并有两套超额累进计算方法。这种税率模式不仅复杂繁琐，而且在一定程度上造成税负不公，如超额累进税率存在差异，最高边际效率过高等。
④费用扣除不合理，税负计征不公平
我国个人所得税费用扣除，按照不同的征税项目采取不同的定额和定率两种扣除方法。这一方面造成计算上的繁琐，给征纳双方带来不便；另一方面既没有考虑通货膨胀和价格水平差异，又没有考虑赡养老人以及抚养子女的不同情况，因而存在不合理、不公平的因素。
⑤征管制度不完善，效率低下，税款流失严重
由于受目前征管体制局限的影响，征管信息传递并不准确而且时效性差，导致税务部门征管信息不通畅、征管效率低下、税款流失严重。
⑥纳税观念、意识淡薄
由于我国所得税发展时间短，公民纳税意识比较淡薄，加上所得税以自然人为纳税义务人，直接影响个人实际收入，且容易涉及经济隐私，税源透明度低，使得个人所得税征收管理难度大。
（2）鉴于我国个人所得税制度目前存在的问题，改革思路如下：
①建立以家庭为单位的分类综合课税模式，促进税负公平
以家庭作为个人所得税核算单位，制定差异性征税标准才能真正体现税负公平原则。分类综合所得税制既能坚持量能负担的原则，又能对纳税人不同性质的所得实行区别对待，是一种较为理想的个人所得税课税模式。
②逐步加大个税在我国税收总收入中的比重，提升个税地位和作用
拓宽税基，扩大税收范围是当前税改的重点之一。我国可以适当借鉴美国的经验，采用“反列举法”将一切没有明确规定给与免税的所得项目全都纳入课税范围。
③构建重点税源监控体系，加强高收入者调节力度
加强税务机关内部征收、管理、评税、稽查等各部门共同责任的工作落实，制定和完善各部门信息传递和信息共享制度，加强部门间的协调配合，做好重点税源的事前、事中、事后监控管理。
④确定灵活的个税扣除标准，实行税收扣除指数化调整，公平税负
个税扣除标准应该与各地区的经济发展水平相适应，而非所有地区使用同一标准，根据各地区平均的收入水平、物价水平、家庭消费水平、物价及各种费用支出水平，划分税收征管区域，进行分别征收管理。
⑤完善税收法律法规，严格执法，加大征管力度
有法不依，执法不严，征管不力，是造成税收流失的重要原因。因此必须严管重罚，以此规范和引导纳税人的行为，形成一个良好的执法环境和纳税环境。
⑥加大税收知识宣传和普及力度，提高国民纳税意识引导纳税人自觉纳税，以自觉纳税为荣，以偷税漏税为耻，逐步形成自觉纳税新风尚。