【正确答案】本案涉及买卖合同中的标的物的风险承担问题。
导致两批水泥毁损的原因是不可归因于任何一方的自然灾害，其性质是一种风险，因此本案实际上是要判断作为买卖合同标的物的水泥的风险承担问题。
对于第一批交付的不符合质量要求的水泥，根据《合同法》第148条规定，因标的物质量不符合质量要求。致使不能实现合同目的的，买受人可以拒绝接受标的物或者解除合同。买受人拒绝接受标的物或者解除合同的，标的物毁损、灭失的风险由出卖人承担。因此，第一批水泥的毁损风险应由乙厂承担。
对于第二批水泥，乙厂已将货物运至交付地点，而甲公司未按约定收取，根据《合同法》第146条规定，出卖人按照约定将标的物置于交付地点，买受人违反约定没有收取的，标的物毁损、灭失的风险自违反约定之日起由买受人承担，因此对该批水泥的毁损风险应由甲公司承担。
根据以上分析，甲公司应向乙厂支付第二批水泥的货款，对第一批水泥则没有付款义务。由于甲公司已经预付了货款10万元，因此甲公司还应向乙厂支付50万元。