【正确答案】五个层面：蛋白质个体、蛋白质互作对、模体、网络模块以及整个网络。即按照包含蛋白质的数目将网络进化问题分层：第一层是仅包含一个蛋白质的蛋白质个体；第二层为包含两个蛋白质的蛋白质互作对（protein interaction pair）；网络模体（network motif）一般包含3～5个蛋白质，为第三层；网络模块（network module）作为第四层，相对于之前的三层包含的蛋白质数目更多，且可能由模体组成；第五层则是整个网络的进化分析，探究网络的发生发展过程。