注册会计师在审计工作中遇到的重大困难可能包括下列事项：①管理层在提供审计所需信息时出现严重拖延；②不合理地要求缩短完成审计工作的时间；③为获取充分、适当的审计证据需要付出的努力远远超过预期；④无法获取预期的信息；⑤管理层对注册会计师施加的限制；⑥管理层不愿意按照要求对被审计单位持续经营能力进行评估，或不愿意延长评估期间。选项D属于注册会计师与治理层沟通的内部控制缺陷要求，不属于在审计工作中遇到的重大困难。