通道蛋白是一类横跨质膜，能使适宜大小的分子及带电荷的分子通过简单的自由扩散运动的、从质膜的一侧转运到另一侧的蛋白质。载体蛋白是一类能与特定的溶质分子结合，通过一系列构象改变介导溶质分子的跨膜转运的膜蛋白。
（1）通道蛋白和载体蛋白及其运输的相同点：
① 两者均为膜蛋白。
② 两者都有控制特定物质跨膜运输的功能。
③ 两者对被选择的物质有高度的特异性或选择性。
④ 两者都参与被动运输，且参与被动运输时不需要消耗能量。
（2）通道蛋白和载体蛋白的不同点：
① 通道蛋白只参与被动运输，载体蛋白参与主动运输和协助扩散。
② 通道蛋白在运输过程中不会与被运输的分子或离子结合，也不会移动，从高浓度向低浓度运输物质， 运输时不消耗能量，通道蛋白转运速率与物质浓度呈正比。载体蛋白在运输时与相应的分子特异性结合， 自身构相会发生改变，并且会移动，参与主动运输时消耗能量，且运输速率具有饱和效应。
③ 在细胞内外理化因子作用下，通道蛋白能在数十毫秒的时间内迅速开放，随后失活或关闭，而载体蛋白的转运速率比通道蛋白低很多。