mRNA转录后的加工包括：

（1）前体mRNA在5´-末端加入“帽子”结构。转录产物第一个核苷酸常是5´-三磷酸鸟苷pppG。mRNA在成熟过程中，先由磷酸酶把5´-pppG水解生成5´-PG，然后5´起始部位与另一个三磷酸鸟苷pppG反应，生成三磷酸双鸟苷。在甲基化酶作用下，第二个鸟嘌呤碱基发生甲基化反应，形成帽子结构(GpppmG)。5´-“帽子”结构可使mRNA免遭核酸酶攻击，也可与帽结合蛋白结合，启动蛋白质的生物合成。

（2）前体mRNA在3´-端特异位点断裂并加上“PolyA尾”结构。这一过程在细胞核内完成，在加入polyA之前，先由核酸外切酶切去3´末端一些过剩的核苷酸，然后在多聚腺苷酸聚合酶催化下，在3´末端加上polyA。PolyA尾与mRNA的翻译模板的活性以及稳定性有关。

（3）前体mRNA剪接去除内含子：真核生物基因组结构基因是断裂基因，mRNA转录初产物中内含子与外显子交替出现。加工过程中，通过mRNA剪接，除去内含子，接上外显子。部分真核生物前体mRNA分子经剪接和剪切两种模式可加工成不同的mRNA。