【正确答案】 B、C

【答案解析】 根据《刑事诉讼法》第56条第2款规定，当事人及其辩护人、诉讼代理人有权申请人民法院对以非法方法收集的证据依法予以排除。申请排除以非法方法收集的证据的，应当提供相关线索或者材料。故A项正确。
   在对证据收集的合法性进行法庭调查的过程中，人民检察院应当对证据收集的合法性加以证明。故B项错误。
   对证据收集合法性的调查，根据具体情况，可以在提出申请后进行，也可以在法庭调查结束前一并进行。故C项错误。
   对于经过法庭审理，确认或者不能排除存在刑讯逼供或其他以非法方法收集证据情形的，对有关证据应当予以排除。故D项正确。