(1)一级结构是蛋白质的重要结构， 一级结构决定高级结构， 高级结构决定生物功能。
(2)蛋白质多肽链在折叠为天然构象时， 不同位点氨基酸的贡献是不同的。
(3)有些位点的氨基酸残基在进化上比较保守， 称为不变残基或保守残基， 它们对蛋白质特定结构和功能非常重要， 如果发生突变， 蛋白质极易丧失正常功能； 有些位点的氨基酸残基可以发生改变， 称为可变残基， 它们对蛋白质的结构和功能没有特殊影响， 一般只在物种进化中起作用， 与免疫性有关。
(4)另外， 有时虽然发生了突变， 但氨基酸性质相近， 属于氨基酸替代， 也不会表现出蛋白质功能的差别。 可见， 蛋白质的一级结构与生物功能的关系是辩证的， 既具有保守、严格的对应关系， 又有一定变异性， 以适应物种进化的需要。