在建设工程信息管理系统的组织文件中，应做好以下工作：

(1)建立统一的项目信息编码体系。

(2)对信息系统的输入/输出报表进行规范和统一。

(3)建立完善的项目信息流程，使项目各参加单位之间的信息关系得以明确化。

(4)注重基础数据的收集和传递，建立基础数据管理的制度。

(5)对信息系统中管理人员的任务进行分工。

(6)建立项目的数据保护制度，保证数据的安全性、完整性和一致性。