申请工程咨询企业名称预先登记需提交的文件、证件有：企业名称预先登记申请书；组建单位的资格证明或股东、发起人的法人资格证明及自然人身份证明；指定(委托)书。选项A、B、C属于申请设立工程咨询有限责任公司需提交的文件、证件。