【正确答案】 B、C、D

【答案解析】本题涉及非诉行政案件的执行、起诉期限的计算。A选项错，在行政案件中，甲不是申请法院强制执行的主体。申请法院强制执行的主体一般应是作出行政行为的行政机关。而当事人可以依法申请人民法院强制执行的情形，是“对发生法律效力的行政判决书、行政裁定书、行政赔偿判决书和行政赔偿调解书，负有义务的一方当事人拒绝履行的”(《行政诉讼法解释》第83条)。本案的批复属于行政许可行为，不属于上述任何一种情形。
   B选项对，本题中两个行政行为，2001年4月1日对股权转让合同以及合同修正案的批准，与2001年6月1日又作出的批复，是冲突的。行政机关正确的做法应该是，先依法撤销前一个批准行为，然后才作出后来的批复，否则就违反了行政程序。因此，甲乙之间关于股权回购的约定(即合同修正案)有效，并不因2001年6月1日的批复而被否定，故甲可以对乙的违约行为提起诉讼。
   C选项，审批机关2001年6月作出的批复并未设定新的权利义务，因它的内容是对2001年4月1日批复的补充，有冲突的仍以前一个批复为准，并不对甲的权利义务产生实际影响，因此法院不受理甲对该批复提起的诉讼。依《行政诉讼法解释》第1条，公民、法人或者其他组织对公民、法人或者其他组织权利义务不产生实际影响的行为不服提起诉讼的，不属于人民法院行政诉讼的受案范围。
   D选项对，根据《行政诉讼法》第39条，公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当在知道作出具体行政行为之日起3个月内提出。法律另有规定的除外。《行政诉讼解释》第41条规定，行政机关作出具体行政行为时，未告知公民、法人或者其他组织诉权或者起诉期限的，起诉期限从公民、法人或者其他组织知道或者应当知道诉权或者起诉期限之日起计算，但从知道或者应当知道具体行政行为内容之日起最长不得超过2年。本案中，起诉期限应从2001年7月2日起算。