【正确答案】 A、C、E

【答案解析】[解析] 选项B，甲企业应当向Ｗ省国税机关提出行政复议，国税系统属于垂直领导，不受地方政府管理；选项D，对税务所(分局)、各级税务局的稽查局的具体行政行为不服的，向其所属税务局申请行政复议，所以，甲企业应当向A市国税机关提出行政复议；选项E，对国税机关与地税机关共同作出的具体行政行为不服的，向其共同的上一级税务机关申请行政复议，即向国家税务总局申请行政复议，选项E正确。