本题考查科技常识。

荷花，又名莲花、水芙蓉等。莲属多年生水生草本花卉。地下茎长而肥厚，有长节。荷花全身皆宝，藕和莲子能食用，莲子、根茎、藕节、荷叶、花及种子的胚芽等都可入药。

A项正确，藕不是根，因为根上没有节，而藕有节，它是莲的变态根状茎；在节的地方，向下长出许多丝状的根。

B项正确，莲子是荷花的果实，同时也是荷花的种子。

C项错误，“藕断丝连”中的丝是输导组织，可以运送营养物质。植物的五大组织中没有运输组织。

D项正确，莲藕上的小孔跟莲叶梗相连，莲叶梗中间是空的，一直通到莲叶里头。而莲叶上又有许多气孔，荷花就是通过莲叶的气孔、莲叶梗和藕的小孔进行呼吸的。

本题为选非题，故正确答案为C。