（1）rRNA作为衡量生物进化的标尺的原因

①rRNA参与生物蛋白质的合成过程，其功能是任何生物都必不可少的，而且在生物进化的漫长历程中，其功能保持不变。

②在16S rRNA分子中，既含有高度保守的序列区域，又有中度保守和高度变化的序列区域，因而它适用于进化距离不同的各类生物亲缘关系的研究。

③16SrRNA相对分子质量大小适中，便于序列分析。加上rRNA在细胞中含量大（约占细胞中RNA的90％）也易于提取。

④16S rRNA普遍存在于真核生物和原核生物中（真核生物中其同源分子是18S rRNA）。

（2）16S rRNA系统发育树的意义是：

①它是一个涵盖整个生命界的系统树。

②它是有根的树，根部的结代表地球上最先出现的生命，是现有生物的共同祖先，生物最初的进化就从这里开始。rRNA序列分析表明，它最初先分成两支：一支发展成为今天的细菌（真细菌）；另一支是古生菌—真核生物分支。它进化过程中进一步分叉分别发展成古生菌和真核生物。

③该系统树反映古生菌和真核生物属“姊妹群”，它们之间的关系比它们与真细菌之问的关系更密切。

④从该系统树还可以看出：某些古生菌（如热网菌和热变形菌等）和真细菌中的产液菌分支离根部最近。这表明它们可能是现存生物中进化变化最少的类群。

⑤其分析数据具有广泛的代表性，并且目前它被许多微生物学家所认同。