行政协议的定义要点：①行政机关；②实现行政管理或者公共服务目标；③与公民、法人或者其他组织协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议。A项，某县自然资源局与某矿业公司签订矿业权出让协议，属于行政机关为了实现行政管理或者公共服务目标，而与法人或者其他组织协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议，符合定义。B项，某区人民政府与王某签订政府保障性住房租赁协议，属于行政机关为了实现行政管理或者公共服务目标，而与公民协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议，符合定义。C项，县房屋征收部门与被征人某教育局签订国有土地上房屋征收补偿协议，属于行政机关为了实现行政管理或者公共服务目标，而与法人或者其他组织协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议，符合定义。D项，某市公安机关和某市交通管理部门签订关于联合整治超限超载专项行动合作协议，不属于具有行政法上权利义务内容的协议，不符合要点③。故本题选D。