关于国家食品药品监督管理部门职能转变中取消的职能有：①将药品生产行政许可与药品生产质量管理规范认证两项行政许可逐步整合为一项行政许可；②将药品经营行政许可与药品经营质量管理规范认证两项行政许可逐步整合为一项行政许可；③将化妆品生产行政许可与化妆品卫生许可两项行政许可整合为一项行政许可；④取消执业药师的继续教育管理职责，工作由中国执业药师协会承担，选项D为错误选项；⑤根据《国务院机构改革和职能转变方案》需要取消的其他职责。综上所述，本题的最佳答案为D。