第二类精神药品经营企业应当在药品库房中设立独立的专库或专柜储存第二类精神药品，并建立专用账册，实行专人管理；专用账册的保存期限应当自药品有效期满之日起不少于5年；第二类精神药品的出入库必须核查数量，做到准确无误；对因破损、变质、过期而不能销售的麻醉药品品种应当清点登记造册，单独妥善保管，并及时向所在地县级以上药品监督管理部门申请销毁，企业不得自行销毁。故本题最佳答案为D。