遗传密码的特点有连续性、简并性、通用性和特殊性。

（1）连续性。翻译由mRNA的5＇端的起始密码子开始，一个密码子接一个密码子连续阅读直到3＇终止密码子，密码间无间断也没有重叠，即起始密码子决定所有后续密码子的位置。

（2）简并性。因为存在61种密码子而只有20种氨基酸，所以许多氨基酸有多个密码子，实际上除甲硫氨酸（ATG）和色氨酸（UGG）只有一个密码子外，其他氨基酸都有一个以上的密码子。由一种以上密码子编码同一个氨基酸的现象称为简并。

（3）通用性。遗传密码无论在体内还是体外，也无论是对病毒、细菌、动物还是植物而言都是通用的。20世纪70年代以后对各种生物基因组的大规模测序结果也充分证明生物界基本共用同一套遗传密码。

（4）特殊性。虽然密码子具有通用性，但也发现极少数例外。在支原体中，终止密码子UGA被用来编码色氨酸；在嗜热四膜虫中，另一个终止密码子UAA被用来编码谷氨酰胺。对人、牛及酵母线粒体DNA序列和结构的研究还发现，在线粒体中也有一些例外情况如UGA编码色氨酸，而非终止密码子，甲硫氨酸可由AUA编码等，体现遗传密码的特殊性。